В своей работе постоянно использую VirtualBox в котором живет Debian и выполняет роль веб-сервера. Располагается Debian на динамическом виртуальном диски .vdi, который ограничен размеров в 8 ГБ, но такой размер установлен на всякий случай, а так ОС и файлы занимает 3ГБ. Со временем файлы динамических виртуальных дисков разрастаются и съедают свой лимит. Если мы будем удалять данные в гостевой ОС, то это не уменьшает размер динамического диска. Я сильно ограничен в свободном пространстве из-за SSD на 128ГБ, поэтому держать виртуальные диски по 8ГБ нет возможности.

Удобного и автоматического способа уменьшения размера нет, но всегда есть запасной план.